Физико-технический институт (ФТИ) ― научно-исследовательская организация, создана по постановлению Совета Министров Казахской ССР от 27 декабря 1990 г. № 535 «Об организации Физико-технического института Академии наук Казахской ССР».
1988 году - по предложению президента АН КазССР академика АН КазССР У.М. Султангазина член-корреспонденту АН КазССР Б. Н. Мукашеву было поручено проведение организационных работ по созданию Физико-технического института (ФТИ). Предложение по организации ФТИ поддержали, и содействовали академики АН КазССР У.М. Султангазин, Н.А. Добротин, Ш.Ш. Ибрагимов и академик АН СССР вице-президент Ю.А. Осипьян, академик-секретарь отделения общей физики и астрономии А.М. Прохоров, директор Физико-технического института им. А.Ф. Иоффе Ж.С. Алфёров, и одного из основоположников физики полупроводников профессор В.С. Вавилов.
В 1991 году 28 января Постановлением Президиума Академии наук КазССР «Об организации Физико-технического института Академии наук КазССР» определены основные научные направления Физико-технического института:
-разработка научных основ радиационно-ионной модификации твердых тел (физика процессов и изменение свойств металлических и полупроводниковых материалов);
-разработка методов анализа и диагностика поверхностных и объемных свойств твердых тел (новые приборы, аппаратура и программные средства). Директором ФТИ был назначен член-корреспондент АН КазССР, ныне академик НАН РК Б.Н. Мукашев.
11 ноября 1996 года Постановлением Правительства Республики Казахстан Физико-технический институт Академии наук Казахской ССР был реорганизован путем присоединения к нему Института физики высоких энергий Академии наук Казахской ССР в Физико-технический институт Министерства науки – Академии наук Республики Казахстан
9 июня 2015 года согласно пункту 2 Протокольного решения уполномоченного лица АО «Центр науки» №1, 100% доли участия АО «Центр науки» в ТОО «Институт гидрогеологии и геоэкологии им Ум Ахмедсафина», «Институт географии», «Физико-технический институт» и «Институт геологических наук им К.И. Сатпаева» переданы в собственность НАО «КазНИТУ».